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科学是关于自然、社会和思维的知识体系，也是实践经验的结晶。其研究的对象均建立在物质基础上。其中自然科学所研究的，佛教称为“色法”。社会科学所研究的对象是社会现象，是在人类的认识、意识形态同客观物质世界结合的基础上产生的，佛教称此为“心法”。“三界唯心，万法唯识”佛教之根本义，“三界唯心”所讲的“心”是见分和相分的统一体，包括了主观思想与客观存在，此“唯心”不同于“唯心主义”。佛教不强调何为第一性，何为第二性，而是注重两者之关系。
原始佛教主张“以色、心二法及贪、嗔、痴为根器界之本”，承认“色”(物质界)和“心”(精神心理方面的受、想、行、识)是构成世界的基础是实有的，即承认了世界有物质因素。“心(主观认识)本无生因境(客观对象)有”，这句佛法名言，正折射出朴素的唯物观点。心因物而有，物因心而显，心物本不二。心与物在佛法中是不可分割的两面，且事实上，物质与精神是世界上同时并著的两个组成部分。
“万法唯识”中“万法”指一切心理、生理、物理现象。《成唯识论述记》卷一中讲“归心泯相，总言唯识”。其中“泯相”不能简单的理解为否定物质存在。“相”是人类对客观外界直观的、被动的反映。佛法唯识是从物质到意识的认识路线之基础上，把佛教的世界观与实践亲证用到认识论上，提高增加了人类认识的主观能动性，使人们的认识不再成客观外界的直观的、消极反映(泯相)，进而成为人类改造自身意识与思维的积极、能动的反映(归心)。
佛教的出发点在为证到真如实相，研究宇宙人生真理，以指导人生为主题，作为人们改造主观意识的指南；科学之目的则为揭示事物发展的客观规律，探索客观真理，作为人们改造客观世界的指南，二者任务不同，佛教是门哲学思想，而哲学系自然科学与社会科学的概括与总结。佛教与文化艺术、哲学一样，既可采用科学真理作资料，又可采用神化虚拟作资料。而文化艺术、哲学与唯物科学不对立，那么亦不应将佛教放在科学的对立面上认识。
佛教作为一种人类意识形态，其又对天文、医药、心理、生理等学科莫不有所涉及。“佛教是综合物质精神的宗教”，近代著名科学家王季同(1862—1942)在他的“唯识研究序”一文中就已提出了这一观点。若仅仅视佛教为“唯心主义”，或是一场持续两千年的欺骗，那未免太简单化了。
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从公元二世纪起，佛教逐步成为当时历史上亚洲地区众多奴隶制、封建制国家上层建筑的组成部分，体现出它是具有很强适应性、融合性的一门宗教。
自两汉之际佛教传人我国，它先在形式上依附于中国传统宗教中的道士方术，后经魏晋南北朝与玄学合流，形成派别，直至隋唐，同儒学相融，逐渐建立宗派，完成体系，并开始以中国佛教之面貌走向世界。佛教除了在意识形态与哲学思想之外，亦融汇、吸收一系列科学思想，加以消化利用，从而用来增强自身的思辩性与生存力，完善自身的理论体系。如17至18世纪末形成的原子学说(Atomi—Ctherory)以及电子、核子论，均被用于佛法“诸法众缘生”的哲理论证中。爱因斯坦的物质、能量互为转变说(E=mc2)则被用在证实佛经“芥子纳须弥”的理论中。中世纪西方宗教曾反对的宇宙、天体、星云系统论，却给佛教“娑婆世界”和无量无边的三千大千世界说提供了充实的依据。诸如此类的事例甚多，这儿恕不一一再引。由此我们对佛教与科学之间的关系可窥一斑知全豹矣。
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著名美藉华裔科学家沈家桢博土曾言：“我本人是科学家，对科学很感兴趣，我对佛学同样感兴趣。我个人认为佛学与科学是一而二，二而一的。”
世界闻名的物理学家杨振宁教授，常常在科学研究、讲学之余，还坚持修“定”(佛教三无漏学中的一种修持实践手段)以达到澄净思维、开智益慧、明心见性。综上所述也从侧面反映了科学与佛教的统一性和相互促进性。
由于千百年来受民间习俗影响，诸多愚昧、无知、荒谬的邪道外神莫不附会于佛教，迷糊了世人对它的正确认识。人们往往无形中透过以往认识其它宗教的有色玻璃以窥览佛教，同时佛教在相当长的时间里，受到过冷落与不公正的对待。更有甚者，假佛教之名搞迷信、筮祭等，这是亵渎佛教。佛教提倡智信，反对迷信。佛教和科学是斩向迷信的两把剑，然而世人多知秉执科学之利剑破除迷信，忽视了“佛法”这把慧剑。
孙中山先生曾评价：“佛学是哲学之母，研究佛学可补科学之偏。”此言决不为过，佛教不仅科学，更能对当世之科技发展补偏救弊。人们利用科学研造出各类先进的武器，但无法通过科学研造出和平，佛教却能为之；科学可诊治人类疾患，但却无法解脱人之生死大患，佛教则能为之；科学可创造高水准的物质生活享受，但无法创造高水准的精神道德品格，佛教能为之。佛教本身乃为道德完善之所必须。目前，科学搞出了“克隆”技术，唯有道德伦理能制约之，使其不至于泛滥成灾，以至直接对人类社会构成威胁。
爱因斯坦说过：“没有宗教的科学是跛子，没有科学的宗教是瞎子。”佛教与科学相融、相生，同为今世所需要，两者皆不可偏废。科学能增强国力，推动物质经济发展；佛教能规范民行，推动精神文明发展。科技普兴之际，佛教亦当广为弘宣。
